Hay tres consideraciones que debes tener en cuenta y seguir al subir los archivos .war a los servidores y son las siguientes:

1) Los archivos deben desplegarse automáticamente al ser colocados sobre el public_html. Después de ser desplegados, los archivos serán propiedad del usuario Tomcar sobre el cual correrán, y debido a esto toda modifcación posterior no será posible, excepto subiendo nuevamente el .war ahora actualizado.

2) Muy pocos .war corren sin problemas al ser subidos y el problema más común son las rutas incorrectas del tipo Windows en lugar del tipo Linux (por ejemplo el c:/). Debes asegurarte que las rutas en todos los archivos de configuración son absolutas. Estas rutas deben comenzar todas así: /home/username/…

3) Un problema común y MUY IMPORTANTE es que los archivos .war subidos a los servidores, especial aunque no únicamente si son del tipo open-source, asumen privilegios más allá de los que realmente tienen y esto implica un serio problema de seguridad que debe ser corregido por el desarrollador ya que de lo contrario una violación al contenido y una posible vulneración del sitio es inminente.